1、效率較低
雖然今天已有許多改進，但由于其內部密封性不好和高氣流速度， 螺桿空壓機的等溫效率，比同等功率的活塞式空壓機低。對于干式螺桿空壓機，轉子齒型的不密性增大，會導致溫升驟升。 因為只有高轉速螺桿空壓機， 才具有良好的相對密封性，所以也只有高轉速的于式螺桿空壓機才是運轉可靠的。
2、轉子支承要求高
基于高的轉速和很小的間隙，無論是噴油式機器所用的滾動軸承或大型干式機器所用的滑動軸承，都必須精工制作。在噴油冷卻的機器中，轉子所產生的軸向推力，往往用一個由壓力油加載的平衡活塞來部分地加以補償。
3、噪聲較高
干式螺桿空壓機噪聲高，照例須附帶有特殊的吸氣及排氣消音器，以便將放射的聲能保持在允許限度之內。 由于頻譜的特性 （高頻成分占優勢），采用隔聲罩殼，螺桿空壓機的噪聲問題一般比活塞式空壓機的好處理些。
4、轉子制造復雜且價格貴
螺桿空壓機轉子必須高精度加工，為此所需的工具和機床價格十分昂貴。 由于齒廓形狀復雜。故配對的每個轉子均需用獨用的銑刀加工。 轉子配對也不能隨便組合， 而應選配， 以便獲得良好的配合，所以損環的空壓機轉子常常是成對地調換。此外，轉子對熱脹和彎曲很敏感。
螺桿空壓機的維修和裝配工作需要極其小心， 按例只能由受過專門訓練的人員進行。此外，出故障的壓縮機常常整套更換。
